Der USB-Port ist ein einfacher USB-Seriell-Wandler. Du kannst mit jedem Seriell-Terminal-Programm direkt damit sprechen. Die Baudrate ist hier allerdings ein Knackpunkt, wo es Probleme geben kann. Diese ist mit 250000 Baud recht ungewöhnlich und nicht jedes Terminal kann dies überhaupt einstellen.
Das "Protokoll" ist dann klassisches G-Code ->
http://reprap.org/wiki/G-code
... mit ein paar RF-1000 spezial-Befehlen die in der RF1000.h Datei in den Sourcen aufgeführt sind.